1) Direktur Direktorat Reserse Kriminal Khusus
Direktorat Reserse Kriminal Khusus dipimpin oleh seorang Direktur yang bertanggungiawab kepada Kapolda, dalam pelaksanaan tugas sehari-hari dibawah kendali Wakapolda disamping tugas pokok menyelenggarakan penyelidikan dan penyidikan tindak pidana khusus, koordinasi, pengawasan operasional dan administrasi penyidikan PPNS sesuai dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku. Disamping tugas pokok, Dirreskrimsus mempunyai tugas fungsi sebagai berikut:
a) Melaksanakan penyelidikan dan penyidikan tindak pidana khusus antara lain tindak pidana ekonomi, korupsi dan tindak pidana tertentu di wilayah hukum Kepolisian Daerah Istimewa Yogyakarta
b) Menganalisa kasus beserta penangannya serta mempelajari dan mengkaji efektivitas pelaksanaan tgas Ditreskrimsus;
c) Pembinaan teknis, koordinasi, dan pengawasan operasional serta administrasi penydikan oleh PPNS;
d) Pelaksanaan pengawasan penyidikan tindak pidana khusus di Lingkungan Polda DIY;
e) Pengumpulan dan pengelolaan data serta menyajikan informasi dan dokumentasi program kegiatan Ditreskrimsus;
2) Wakil Direktorat Reserse Kriminal Khusus
Wadir Reskrimsus adalah pejabat yang membantu Dirreskrimsus dalam pelaksanaan tugas sehari-hari dan bertanggungjawab kepada Direskrimsus. Tugas dan tanggung jawabnya sebagai berikut:
a) Membantu Direskrimsus dalam rangka pengendalian, pengawasan dan pembinaan kegiatan serta sumber daya manusia dilingkungan Ditreskrimsus Polda DIY.
b) Melaksanakan pengendalian langsung terhadap pelaksanaan tugas dan kegiatan fungsi-fungsi di lingkungan Ditreskrimsus Polda DIY.
c) Bertanggungjawab kepada Ditreskrimsus Polda DIY.
Bagian Pembinaan Operasional (Bagbinopsnal)
3) Bagbinopsnal
Bagbinopsnal adalah bagian pembinaan operasional yg dipimpin oleh Kepala Bagian Operasional (Kabagopsnal) yg mempunyai tugas pokok:
a) Melaksanakan pembinaan Ditreskrimsus melalui analisis dan gelar perkara berserta penangannya;
b) Mempelajari dan mengkaji efektivitas pelaksanaan tugas penyelidikan dan penyidikan;
c) Melaksanakan latihan fungsi serta menghimpun dan memelihara berkas yang telah selesai diproses dan bahan literature yg terkait;
d) Mengumpulkan dan mengolah data, serta menyajikan informasi dan dokumentasi program kegiatan Ditreskrimsus.
Disamping tugas pokok terdapat beberapa tugas fungsi sebagai berikut:
a) Menganalisis dan mengevaluasi tugas Ditreskrimsus;
b) Mengkoordinasikan pemberian dukungan operasional kesatuan Kewilayahan;
c) Pelatihan fungsi dan pengadministrasian kegiatan penyelidikan dan penyidikan serta pengarsipan berkas perkara;
d) Pengumpulan dan pengolahan data serta penyajian informasi dan dokumentasi program kegiatan;
e) Perencanaan operasi, penyiapan administrasi operasi dan pelaksanaan anev operasi.
Dalam pelaksanaan tugas pokok dan tugas fungsi Kabagbinopsnal dibantu oleh 2 (dua) orang Kasubbag yaitu Kasubbagminopsnal dan dan Kasubbaganev
a) Kepala Sub Bagian Administrasi Operasional (Kasubbagminopsnal) bertugas menyelenggarakan pelatihan fungsi, persiapan berkas perkara dan pengadminstrasian kegiatan penyelidikan dan penyidikan.
b) Kepala Sub Bagian Analisa dan Evaluasi (Kasubbaganev) bertugas menganalisa dan mengevaluasi kegiatan Direskrimsus.
4) Bagian pengawasan penyidikan (Bagwassidik)
Dipimpin oleh Kabagwassidik yg bertugas melakukan koordinasi dan pengawasan proses penyidikan tindak pidana dilingkungan Ditreskrimsus serta menindaklanjuti terhadap pengaduan masyarakat yang terkait dengan proses penyidikan.
Disamping tugas pokok Bagwassidik terdapat beberapa tugas fungsi sebagai berikut:
a) Pengawasan pelaksanaan penyidikan dan penyidikan tindak pidana yang dilakukan oleh Subdit;
b) Pelaksanaan supervise, koreksi dan asistensi kegiatan penyelidikan dan penyidikan tindak pidana;
c) Pengkajian efektivitas pelaksanaan penyelidikan dan penyidikan tindak pidana melalui penyelanggaraan gelar perkara;
d) Pemberian saran masukan kepada Direktur terkait dgn hasil pengawasan penyidikan, termasuk menjawab pengaduan masyarakat;
e) Pemberian bantuan penyelidikan dan penyidikan tindak pidana khusus yang dilakukan oleh penyidik pada Subdit dan PPNS.
Dalam pelaksanaan tugas pokok dan tugas fungsi Kabagwassidik dibantu oleh 3 (tiga) Unit yg diketuai oleh Kanit dan sejumlah penyidik utama yang bertugas membantu pelaksanaan tugas dan fungsi Bagwassidik.
5) Sub Bagian Perencanaan dan Administrasi
Dipimpin oleh Kasubbagrenmin yang mempunyai tugas pokok menyusun perencanaan program kerja dan anggaran, manajemen Sarpras, personil dan kinerja serta mengelola keuangan dan pelayanan ketatausahaan dan urusan dalam dilingkungan Ditreskrimsus.
Disamping tugas pokok Subbagrenmin mempunyai tugas fungsi sebagai berikut:
a) Penyusunan perencanaan jangka sedang dan jangka pendek, antara lain Renstra, rencangan Renja, Renja, kebutuhan sarana prasarana, personel dan anggaran.
b) Pemeliharaan perawatan dan administrasi personel.
c) Pengelolaan sarpras dan penyusunan laporan Sistem Informasi Manajemen dan Akuntansi Barang Milik Negara (SIMAK-BMN).
d) Pelayanan fungsi keuangan yg meliputi pembiayaan, pengendalian, pembukuan, akutansi dan penyusunan laporan SAI serta pertanggungjawaban keuangan.
e) Pengelolaan dan pelayanan ketatausahaan dan urusan dalam.
f) Penyusunan LRA dan pembuatan laporan akuntabiltas kinerja Satker dalam bentuk Lakip meliputi analisa target pencapaian kinerja, program, dan anggaran.
Dalam pelaksanaan tugas pokok dan tugas fungsi Kasubbag dibantu oleh 4 (empat) Kaur yg disebut Kaurren, Kaurmin, Kaurkeu, Kaurtu
a) Kepala Urusan Perencanaan (KAURREN)
Bertugas membuat Renstra, rancangan Renja, Rencana Kerja dan Anggaran Kementerian Negara/Lembaga RKA-KL, Daftar Isian Anggaran RKA-KL, Daftar Isian Pelaksanaan Anggaran (DIPA), Penetapan kinerja, Kerangka Acuan Kerja (KAK) atau Term Of Reference (TOR), Rencana Anggaran Biaya (RAB) dan menyusun Laporan Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintah (LAKIP) satuan kerja, serta pemantauan dan evaluasi pelaksanaan program bidang Reskrimsus Polda DIY.
b) Kepala Urusan Administrasi (KAURMIN)
Bertugas menyelenggarakan kegiatan administrasi umum, personil dan material logistik.
c) Kepala Urusan Keuangan (KAURKEU)
Bertugas melaksanakan kegiatan pelayanan keuangan.
d) Kepala Urusan Ketatausahaan (KAURTU)
Bertugas menyelenggarakan kegiatan ketatausahaan dan urusan dalam.
6) Sie Koordinasi dan Pengawasan (Korwas PPNS)
Sie korwas PPNS dipimpin oleh Kasikorwas PPNS yang mempunyai tugas pokok melaksanakan koordinasi dan pengawasan penyidikan termasuk pemberian bimbingan teknis dan taktis serta bantuan konsultasi penyidikan kepada PPNS.
7) 5 (lima) Sub direktorat yang dipimpin oleh seorang Kepala Sub Direktorat yang berpangkat Ajun Komisaris Besar Polisi, 5 (lima) Sub Direktorat tersebut terdiri dari:
a) Sub Direktorat I menangani kasus-kasus atau tindak pidana dibidang Industri Perdagangan dan Hak Atas Kekayaan Intelektual.
b) Sub Direktorat II menangani kasus-kasus atau tindak pidana dibidang Ekonomi dan Perbankan.
c) Sub Direktorat III menangani kasus-kasus atau tindak pidana dibidang tindak pidana Korupsi.
d) Sub Direktorat IV menangani kasus-kasus atau tindak pidana tertentu.
e) Sub Direktorat V menangani kasus-kasus atau tindak pidana Siber.